Commenter des lignes de codes

A la suite d’une ligne de code on indique le numéro de l’annotation:
- ligne de code #<1>
- ligne de code #<2>
A la suite du bloc, on commente chaque annotation:
- 1. Commentaire annotation 1
- 1. Commentaire annotation 2 etc…

```r 
# Dans le bloc de codes
library(readr)                                                                                                    # <1>
library(survival)                                                                                                 
library(survminer)                                                                                                
                       
df <- read.csv("https://raw.githubusercontent.com/mthevenin/analyse_duree/master/bases/transplantation.csv")      # <2>

fit <- survfit(Surv(stime, died) ~ 1, data = df )                                                                 # <3>

ggsurvplot(fit, conf.int = TRUE, risk.table = TRUE)                                                               # <4>

```
# Dans le corp du document .qmd à la suite du bloc

1. Chargement des packages
2. Chargement de la base
3. Calcul des estimateurs de Kaplan-Meier
4. Graphique de la fonction de survie avec `ggsurvplot`

Donne le rendu suivant:

library(readr)
library(survival)                                                                                                 
library(survminer)                                                                                                
                       
df <- read.csv("https://raw.githubusercontent.com/mthevenin/analyse_duree/master/bases/transplantation.csv")

fit <- survfit(Surv(stime, died) ~ 1, data = df )

ggsurvplot(fit, conf.int = TRUE, risk.table = TRUE)

1: Chargement des packages
2: Chargement de la base
3: Calcul des estimateurs de Kaplan-Meier
4: Graphique de la fonction de survie avec ggsurvplot

Par défaut, les commentaires s’affichent en dessous du bloc. Deux autres options sont disponibles, qui affichent le commentaire à droite de chaque ligne: une en passant sur la ligne( code-annotations: over) et une en cliquant sur la ligne code-annotations: select).

---
title: "titre page"
code-annotations: select
---

--- title: "Commenter des lignes de codes" categories: - Quarto - Code author: - name: "Marc Thévenin" affiliations: - name: "Ined" date: 06/16/2023 image: "https://posit.co/wp-content/uploads/2022/10/thumbnail-2.jpg" format: html: default # docx: default # pdf: default filters: - lightbox lightbox: auto abstract: | Depuis la version 1.3 de Quarto il est possible d'annoter une ou plusieurs lignes d'un bloc de codes. --- - A la suite d'une ligne de code on indique le numéro de l'annotation: - `ligne de code #<1>` - `ligne de code #<2>` - A la suite du bloc, on commente chaque annotation: - 1. Commentaire annotation 1 - 2. Commentaire annotation 2 etc... ````markdown ```r # Dans le bloc de codes library(readr) # <1> library(survival) library(survminer) df <- read.csv("https://raw.githubusercontent.com/mthevenin/analyse_duree/master/bases/transplantation.csv") # <2> fit <- survfit(Surv(stime, died) ~ 1, data = df ) # <3> ggsurvplot(fit, conf.int = TRUE, risk.table = TRUE) # <4> ``` # Dans le corp du document .qmd à la suite du bloc 1. Chargement des packages 2. Chargement de la base 3. Calcul des estimateurs de Kaplan-Meier 4. Graphique de la fonction de survie avec `ggsurvplot` ```` Donne le rendu suivant: ```{r, message=FALSE} library(readr) # <1> library(survival) library(survminer) df <- read.csv("https://raw.githubusercontent.com/mthevenin/analyse_duree/master/bases/transplantation.csv") # <2> fit <- survfit(Surv(stime, died) ~ 1, data = df ) # <3> ggsurvplot(fit, conf.int = TRUE, risk.table = TRUE) # <4> ``` 1. Chargement des packages 2. Chargement de la base 3. Calcul des estimateurs de Kaplan-Meier 4. Graphique de la fonction de survie avec `ggsurvplot` Par défaut, les commentaires s'affichent en dessous du bloc. Deux autres options sont disponibles, qui affichent le commentaire à droite de chaque ligne: une en passant sur la ligne( `code-annotations: over`) et une en cliquant sur la ligne `code-annotations: select`). ````markdown --- title: "titre page" code-annotations: select --- ```` ![](img1.png) [En savoir plus](https://quarto.org/docs/authoring/code-annotation.html)