Résumé

Sous forme de gifs animés: création d’un dépôt git, création d’un projet Rstudio avec clonage du dépôt, envoyer des fichiers du projet dans le dépôt.

Prérequis:

Installé l’application git (https://git-scm.com/). A l’Ined elle peut être directement installée via applined
Avoir un compte github (https://github.com/) ou gitlab (https://about.gitlab.com/)

Formation Git: https://learngitbranching.js.org/?locale=fr_FR

Début de l’animation

Cliquer sur l’animation pour la faire redémarrer au début.

Création d’un dépôt Git

La méthode de clônage du dépôt montré ici utilise un lien https. Il est préférable de sécuriser les opérations de synchronisation avec une clé SSH. Elle peut être générée dans Rstudio (tools=>global options=>git/svn) et appliquée dans son compte git (dans github aller dans les settings de son profile puis dans “SSH and GPH keys”) [Oui…Faire un tuto là dessus].
Le dépôt qui a été généré est de type public, on peut le créer en mode privé.
Si on associe le dépôt à un projet Rstudio, il n’est pas utile de générer un fichier .gitignore car il sera automatiquement ajouté à la création du projet [indique les fichiers ou les types de fichiers qui ne seront pas synchronisés]
On récupère l’adresse du dépôt en allant sur le bouton <> clone

Création d’un projet Rstudio avec clônage du dépôt

Ajout d’un fichier dans le projet et l’envoyer dans le dépôt distant

Petite remarque avec Quarto: éviter de faire un render d’un fichier .qmd qui n’est pas associé au projet actif de la session.

Les opérations git effectuée sur le terminal sont a minima (git help).

git status permet, comme son nom l’indique, d’afficher les modifications apparues dans le projet depuis la dernière synchronisation. Optionnel, sans conséquence sur la synchronisation.
git add .: on peut sélectionner des fichiers particuliers, l’ajout de . permet de sélectionné l’ensemble des fichiers affichés avec git status.
Le commit (commentaire) semble obligatoire dans rstudio. On peut le faire dans le terminal, mais je préfère aller dans la fenêtre commit accessible dans l’onglet git (en haut à droite de l’interface).
Une fois le commentaire réalisé on peut envoyer les fichiers dans le dépôt en cliquant sur push ou dans le terminal exécuter git push

Envoyer des fichiers dans le dépôt alors qu’il a été modifié en amont

Si le dépôt git a été modifié, par soit même ou par une personne associée au projet, on ne peut pas transférer des fichiers vers le dépôt à partir de son répertoire en local. On doit synchroniser le répertoire et le dépôt distant en faisant un pull dans l’onglet git ou dans le terminal avec git pull.

--- title: "Rstudio et Git[hub/lab]: l'essentiel" categories: - git - Rstudio author: - name: "Marc Thévenin" affiliations: - name: "Ined" date: 06/22/2023 image: "https://www.cpp.edu/cba/customer-insights-lab/img/training-images/github_rstudio.png" format: html: default # docx: default # pdf: default filters: - lightbox lightbox: auto abstract: | Sous forme de gifs animés: création d'un dépôt git, création d'un projet Rstudio avec clonage du dépôt, envoyer des fichiers du projet dans le dépôt. --- Prérequis: - Installé l'application git (<https://git-scm.com/>). A l'Ined elle peut être directement installée via **applined** - Avoir un compte github (<https://github.com/>) ou gitlab (<https://about.gitlab.com/>) Formation Git: <https://learngitbranching.js.org/?locale=fr_FR> ::: callout-tip ## Début de l'animation Cliquer sur l'animation pour la faire redémarrer au début. ::: # Création d'un dépôt Git * La méthode de clônage du dépôt montré ici utilise un lien **https**. Il est préférable de sécuriser les opérations de synchronisation avec une clé **SSH**. Elle peut être générée dans Rstudio (tools=>global options=>git/svn) et appliquée dans son compte git (dans github aller dans les *settings* de son profile puis dans "**SSH and GPH keys**") [Oui...Faire un tuto là dessus]. * Le dépôt qui a été généré est de type public, on peut le créer en mode privé. * Si on associe le dépôt à un projet Rstudio, il n'est pas utile de générer un fichier .gitignore car il sera automatiquement ajouté à la création du projet [indique les fichiers ou les types de fichiers qui ne seront pas synchronisés] * On récupère l'adresse du dépôt en allant sur le bouton **`<> clone`** ![](img/git1.gif) # Création d'un projet Rstudio avec clônage du dépôt ![](img/git2.gif) # Ajout d'un fichier dans le projet et l'envoyer dans le dépôt distant Petite remarque avec Quarto: éviter de faire un render d'un fichier `.qmd` qui n'est pas associé au projet actif de la session. ![](img/git3.gif) Les opérations `git` effectuée sur le terminal sont a minima (`git help`). - `git status` permet, comme son nom l'indique, d'afficher les modifications apparues dans le projet depuis la dernière synchronisation. Optionnel, sans conséquence sur la synchronisation. - `git add .`: on peut sélectionner des fichiers particuliers, l'ajout de `.` permet de sélectionné l'ensemble des fichiers affichés avec `git status`. - Le commit (commentaire) semble obligatoire dans rstudio. On peut le faire dans le terminal, mais je préfère aller dans la fenêtre **commit** accessible dans l'onglet **git** (en haut à droite de l'interface). - Une fois le commentaire réalisé on peut envoyer les fichiers dans le dépôt en cliquant sur **push** ou dans le terminal exécuter `git push` ![](img/git4.gif) # Envoyer des fichiers dans le dépôt alors qu'il a été modifié en amont Si le dépôt git a été modifié, par soit même ou par une personne associée au projet, on ne peut pas transférer des fichiers vers le dépôt à partir de son répertoire en local. On doit synchroniser le répertoire et le dépôt distant en faisant un **pull** dans l'onglet git ou dans le terminal avec `git pull`. ![](img/git5.gif)