Résumé

On peut utiliser R avec le très populaire notebook Jupyter. Utilisé dans un navigateur, il permet de récupérer l’ensemble des cellules et les enregistrer dans un programme unique .R. Cette fiche décrit les différentes étapes pour utiliser ce notebook avec R, dans un navigateur ou avec l’Ide Vscode.

Astuce

Cliquer sur l’animation pour l’agrandir et la faire redémarrer au début

Installation

Ined

A l’Ined, l’installation de Python et Jupyter est directement accessible via le bureau vial’outil Applined mis à disposition par le Service Informatique. Dans la fenêtre de recherche:
Python puis l’installer.
Jupyter puis l’installer.
Ouverture de Jupyter dans le navigateur: taper cmd dans la barre de recherche windows, puis jupyter notebook.

Résumé des étapes

Hors Ined

La solution la plus simple est d’installer Anaconda, mais un nombre important d’applications seront installées. Je ne suis pas sur que, hors usage intensif de python, cela soit un quelconque intérêt.
Installer la version soft d’Anaconda, miniconda, puis installer Jupyter via l’invit de commandes conda: conda install jupyter ou via l’invite de commandes window avec l’application de gestion des librairie Python pip: pip install jupyter.
L’ouverture de Jupyter se fera directement via un raccourci (conda) ou via l’invite de commande windows en tapant jupyter noteboook.

Installation du noyau R dans jupyter

Vous pouvez suivre ce pas à pas: lien.

Dans R:

# install.packages("devtools")
devtools::install_github("IRkernel/IRkernel")
IRkernel::installspec()

Utilisation du notebook

Aller dans New
Sélectionner le noyau R

Par défaut, chaque nouvelle cellule est en mode code. Vous pouvez changer de mode dans une fenêtre (markdown, text, titre)

On peut exporter le notebook dans plusieurs formats. Cependant, la fonctionalité la plus intéressante est l’engistrement sous format .R de l’ensemble des cellules de type code. On obtient donc un programme complet.

Si on préfère on peut utiliser le notebook dans l’interface Vscode, il suffit d’y installer l’extension Jupyter.

Permet d’avoir plusieurs notebook charger sur une interface, et de travailler parallèlement sur la console R tutoriel d’installation.
Ne permet pas d’enregistrer l’ensemble des cellules en programme R.

--- title: "Utiliser R avec le notebook Jupyter" categories: - Notebook author: - name: "Marc Thévenin" affiliations: - name: "Ined" date: 07/07/2023 image: "https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/38/Jupyter_logo.svg/1200px-Jupyter_logo.svg.png" format: html: default filters: - lightbox lightbox: auto abstract: | On peut utiliser R avec le très populaire notebook Jupyter. Utilisé dans un navigateur, il permet de récupérer l'ensemble des cellules et les enregistrer dans un programme unique .R. Cette fiche décrit les différentes étapes pour utiliser ce notebook avec R, dans un navigateur ou avec l'Ide Vscode. --- ::: callout-tip Cliquer sur l'animation pour l'agrandir et la faire redémarrer au début ::: # Installation ## Ined - A l'Ined, l'installation de Python et Jupyter est directement accessible via le bureau vial'outil **Applined** mis à disposition par le Service Informatique. Dans la fenêtre de recherche: - Python puis l'installer. - Jupyter puis l'installer. - Ouverture de Jupyter dans le navigateur: taper `cmd` dans la barre de recherche windows, puis `jupyter notebook`. **Résumé des étapes** ![](img/jupyter1.gif) ## Hors Ined - La solution la plus simple est d'installer [Anaconda](https://www.anaconda.com/download), mais un nombre important d'applications seront installées. Je ne suis pas sur que, hors usage intensif de python, cela soit un quelconque intérêt. - Installer la version ***soft*** d'Anaconda, [miniconda](https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html), puis installer Jupyter via l'invit de commandes conda: `conda install jupyter` ou via l'invite de commandes window avec l'application de gestion des librairie Python ***pip***: `pip install jupyter`. - L'ouverture de Jupyter se fera directement via un raccourci (conda) ou via l'invite de commande windows en tapant `jupyter noteboook`. # Installation du noyau R dans jupyter Vous pouvez suivre ce pas à pas: [lien](https://towardsdatascience.com/how-to-run-r-scripts-in-jupyter-15527148d2a). Dans R: ```markdown # install.packages("devtools") devtools::install_github("IRkernel/IRkernel") IRkernel::installspec() ``` # Utilisation du notebook - Aller dans *New* - Sélectionner le noyau R Par défaut, chaque nouvelle cellule est en mode *code*. Vous pouvez changer de mode dans une fenêtre (markdown, text, titre) ![](img/jupyter2.gif) On peut exporter le notebook dans plusieurs formats. Cependant, la fonctionalité la plus intéressante est l'engistrement sous format .R de l'ensemble des cellules de type code. On obtient donc un programme complet. ![](img/jupyter3.gif) Si on préfère on peut utiliser le notebook dans l'interface [Vscode](https://code.visualstudio.com/Download), il suffit d'y installer l'extension Jupyter. - Permet d'avoir plusieurs notebook charger sur une interface, et de travailler parallèlement sur la console R [tutoriel d'installation](https://mthevenin.github.io/assistoolsms/R/assist/posts/R_vscode/R_vscode_doc.html). - Ne permet pas d'enregistrer l'ensemble des cellules en programme R. ![](img/jupyter4.gif)