Récupérer et exécuter le test OLS de Grambsch-Therneau

Test
Auteur·rice
Affiliation

Marc Thévenin

Ined

Date de publication

13 juin 2023

Résumé

Comment récupérer la variante du test de Grambsch-Therneau implémentée au package survival avant son passage à la v3. Permet de s’assurer une reproductibilité avec les autres applications statistiques (Stata, Sas, Python) avec des durées discrètes.

Package Fonctions
survival coxph - coxzph.old

Champ d’application

Problématique

Récupération et exécution du test OLS

Exemple

Récupération des données
library(readr)
trans <- read.csv("https://raw.githubusercontent.com/mthevenin/analyse_duree/master/bases/transplantation.csv")
Estimation d'un modèle de Cox
library(survival)
coxfit = coxph(formula = Surv(stime, died) ~ year + age + surgery, data = trans)
Réupération et exécution du test OLS
source("https://raw.githubusercontent.com/mthevenin/analyse_duree/main/cox.zphold/cox.zphold.R")
cox.zphold(coxfit)
          rho chisq      p
year    0.159  1.96 0.1620
age     0.109  1.15 0.2845
surgery 0.251  3.96 0.0465
GLOBAL     NA  7.99 0.0462