Récupérer et exécuter le test OLS de Grambsch-Therneau

Résumé

Comment récupérer la variante du test de Grambsch-Therneau implémentée au package survival avant son passage à la v3. Permet de s’assurer une reproductibilité avec les autres applications statistiques (Stata, Sas, Python) avec des durées discrètes.

Package	Fonctions
survival	`coxph` - `coxzph.old`

Champ d’application

Modèle de Cox (analyse des durées)
Diagnostic sur l’hypothèse de proportionalité des risques

Problématique

Depuis le passage à la version 3 du package survival en 2020, le test OLS sur les résidus de Schoenfeld a été supprimé et remplacé par le test GLS. Le second est la version originelle du test proposé en 1994 par P.Grambsch et T.Therneau.
En présence d’évènements simultanés (durée discrète), les résultats affichés par les deux versions peuvent fortement variés.
Lorsqu’on utilise le modèle de Cox avec des durées discrètes, situation très courante dans les sciences sociales, je préconise l’utilisation de la version dite simplifiée (OLS).
- Le modèle de Cox est une méthode à durée continue, les conditions de validité du test GLS ne sont établies avec des évènements mesurés simultanément.
- Contrainte de reproductibilité: Stata, Sas, Python (lifelines, statsmodels) exécutent seulement le tests OLS.

Récupération et exécution du test OLS

J’ai récupéré le script de la fonction dans les archives du CRAN. Elle a simplement été renommée cox.zphold().
Pour charger la fonction, il suffit d’appliquer source() qui joue le même rôle que library().
- Directement sur le dépôt github:
  - source("https://raw.githubusercontent.com/mthevenin/analyse_duree/main/cox.zphold/cox.zphold.R")
- Si le script a été enregistré en local:
  - source("local_path/cox.zphold.R")

Exemple

Récupération des données

library(readr)

Warning: le package 'readr' a été compilé avec la version R 4.3.3

trans <- read.csv("https://raw.githubusercontent.com/mthevenin/analyse_duree/master/bases/transplantation.csv")

Estimation d'un modèle de Cox

library(survival)

Warning: le package 'survival' a été compilé avec la version R 4.3.3

coxfit = coxph(formula = Surv(stime, died) ~ year + age + surgery, data = trans)

Réupération et exécution du test OLS

source("https://raw.githubusercontent.com/mthevenin/analyse_duree/main/cox.zphold/cox.zphold.R")
cox.zphold(coxfit)

          rho chisq      p
year    0.159  1.96 0.1620
age     0.109  1.15 0.2845
surgery 0.251  3.96 0.0465
GLOBAL     NA  7.99 0.0462

--- title: "Récupérer et exécuter le test OLS de Grambsch-Therneau" # toc-title: "" # subtitle: "" categories: - Test author: - name: "Marc Thévenin" affiliations: - name: "Ined" date: 06/13/2023 image: "https://m.media-amazon.com/images/P/1441931619.01._SCLZZZZZZZ_SX500_.jpg" format: html: default abstract: | Comment récupérer la variante du test de Grambsch-Therneau implémentée au package `survival` avant son passage à la v3. Permet de s'assurer une reproductibilité avec les autres applications statistiques (Stata, Sas, Python) avec des durées discrètes. --- | Package | Fonctions | |---------------|-------------------------------------------------| | **survival** | `coxph` - `coxzph.old` | **Champ d'application** * Modèle de Cox (analyse des durées) * Diagnostic sur l'hypothèse de proportionalité des risques **Problématique** - Depuis le passage à la version 3 du package **`survival`** en 2020, le test OLS sur les résidus de Schoenfeld a été supprimé et remplacé par le test GLS. Le second est la version originelle du test proposé en 1994 par P.Grambsch et T.Therneau. - En présence d'évènements simultanés (durée discrète), les résultats affichés par les deux versions peuvent fortement variés. - Lorsqu'on utilise le modèle de Cox avec des durées discrètes, situation très courante dans les sciences sociales, je préconise l'utilisation de la version dite *simplifiée* (OLS). - Le modèle de Cox est une méthode à durée continue, les conditions de validité du test GLS ne sont établies avec des évènements mesurés simultanément. - Contrainte de reproductibilité: **Stata**, **Sas**, **Python** (**`lifelines`**, **`statsmodels`**) exécutent seulement le tests OLS. **Récupération et exécution du test OLS** - J'ai récupéré le script de la fonction dans les archives du CRAN. Elle a simplement été renommée **`cox.zphold()`**. - Pour charger la fonction, il suffit d'appliquer **`source()`** qui joue le même rôle que **`library()`**. - Directement sur le dépôt github: - **`source("https://raw.githubusercontent.com/mthevenin/analyse_duree/main/cox.zphold/cox.zphold.R")`** - Si le script a été enregistré en local: - **`source("local_path/cox.zphold.R")`** **Exemple** ```{r filename="Récupération des données"} library(readr) trans <- read.csv("https://raw.githubusercontent.com/mthevenin/analyse_duree/master/bases/transplantation.csv") ``` ```{r filename="Estimation d'un modèle de Cox"} library(survival) coxfit = coxph(formula = Surv(stime, died) ~ year + age + surgery, data = trans) ``` ```{r filename="Réupération et exécution du test OLS"} source("https://raw.githubusercontent.com/mthevenin/analyse_duree/main/cox.zphold/cox.zphold.R") cox.zphold(coxfit) ```