9 Résumé de la partie Git

En cours

9.1 Installation de git

https://www.git-scm.com/download/win
Laissez les options telles quelles en passant systématiquement (10 étapes)
Verifier l’installation en allant dans un dossier => faites un clic droit et vérifier que les items Open Git GUI here et Open Git Bash here sont bien présent.

9.2 Configuration

Dans une invite de commande (windows, bash installée avec git…)

Indiquer votre adresse mail

git config --global user.email EMAIL-ADRESSE

Indiquer votre prénom et votre nom

git config --global user.name "PRENOM et/NOM"

9.3 Connection à forge (via RStudio)

9.3.1 Token

Installation des packages usethis et credentials

Console R:

install.packages("usethis")
install.packages("gitcreds")

library(usethis)
library(gitcreds)

GITHUB

Console R:

Vous enverra directement sur la page de création des tokens

usethis::create_github_token()

Générer le token dans github
Copier le token

Attention la durée de vie du token est de 30 jours, vous pouvez l’augmenter jusqu’à un an.

Ajouter le token

Par défaut RStudio affectera le token à Github:

gitcreds_set()

gitcreds_set(url="https://github.com")

Coller le token et appuyer sur enter

Test de la connection: dans le terminal exécuter:

git clone gitcreds_set(url="https://github.com")

GITLAB

Dans gitlab:

Aller sur son avatar Edit profile Acces token
Add new token: sélectionner read repository et write repository
Copier le token

Attention la durée de vie du token est de 30 jours, vous pouvez l’augmenter jusqu’à un an.

Ajouter le token

gitcreds_set(url="https://gitlab.com")

Coller le token et appuyer sur enter

Test de la connection: dans le terminal exécuter:

git clone gitcreds_set(url="https://github.com")

9.3.2 Clé SSH

Création de la clé SSH dans Rstudio¹:
- Tools Global Options Git/SVN Create SSH Key
- Views ssh key => Copier la clé
Ajouter la clé dans Github:
- Aller dans les settings de votre profile SSH & GPH Keys New ssh key coller la clé add ssh key
Création de la clé dans Gitlab:
- Edit profile SSH keys add new key coller la clé (vous pouver modifier la date d’expiration) => add key
Facultatif²

Dans le terminal:

eval $(ssh-agent -s)

Puis

ssh-add ~/.ssh/id_ed25519

Si message de ce type:

The authenticity of host 'github.com (140.82.121.4)' can't be established.
ED25519 key fingerprint is SHA256:+DiY3wvvXXXXXXX\(*_*)/XXXXXXXXXr4UvCOqU.
This key is not known by any other names.

Valider avec yes

Test de la connection. Dans le terminal exécuter:

Github

git@github.com:mthevenin/test_connection_formation.git

Gitlab

git@gitlab.com:mthevenin/test_connection_formation.git

9.4 Les principales commandes git

A utiliser dans un terminal, de préférence le bash

En local, démarrer un dépôt git

git init

Verifier le statut des fichiers

git status

Staged: Ajouter des fichiers ayant fait l’objet d’une modification depuis la version précédente

git add nom_fichier1 nom_fichier2

Tous les fichiers modifiés entre deux versions

git add .

Commit: Figer une version des fichiers ayant fait l’objet d’un git add

git commit -m "Titre de la version"

Lister l’historique

Version longue

git log

Version résumée

git log --oneline

Contenu d’un commit

git show numero_commit

Push: Transférer les modifications entre deux commits du répertoire local de travail sur le dépôt distant (remote)

git push

Pull: Récupération des modifications apportées au dépôt distant vers le répertoire local de travail

git pull

Créer une branche secondaire

git branch nom_branche

Changer de branche

git checkout nom_branche

Fusionner des branches (répertoire local)

A partir de la branche principale (main/master)

git merge nom_branche_secondaire

main versus master

Depuis 2021, les plateformes git se sont engagées à adopter le nom main pour la branche principale.
Avec Gitlab cependant, lorsque le dépôt distant est créé avec un template, le nom de la branche principale est resté master.

Le logiciel git a conservé le nom master lorsqu’on démarre une instance git dans un répertoire local. Il est possible de le changer avec la commande suivante: git branch -m nouveau_nom

pull request (demande de fusion dans le dépôt distant)

A partir d’une branche secondaire:

git push origin nom_branche_secondaire

Valider ou non sur gitlab/github la demande de fusion.

git revert

Par exemple pour un fichier dont la suppression a fait l’objet d’un commit explicite

git revert numéro_commit

9.5 Exemple d’opérations de versionnage

Pour les animations, on a utilisé l’interface ungit.

On se trouve dans le répertoire demi_git
On ouvre le terminal bash
On démarre le versionnage: git init
On génère le fichier vide texte.txt: touch texte.txt
On ajoute du texte
On ajoute le nouveau fichier à cette version (stage): git add texte.txt
On fige la version avec un commit: git commit -m "premier commit: add texte.txt"

On créé le fichier prog.r et on ajoute quelques ligne de codes: touch prog.r
On modifie à nouveau le fichier texte.txt
On versionne ces deux modifications:
- git add .
- git commit -m "modif texte.txt add prog.r"

On supprime le fichier texte.txt: rm texte.txt
On versionne cette suppression:
- git add .
- git commit -m "delete texte.txt"
On fait des modifications sur le fichier prog.r et on les versionne:
- git add .
- git commit -m "modif prog.r"
On veut récupérer le fichier supprimé (texte.txt).
- On récupère le numéro du commit liée à la suppression du fichier.
  - Directement dans un interface graphique.
  - En affichant l’historique des commit: git log cd17dba55648a08eaf9131cca862646002c0e986
- On va revenir en arrière sur la suppression avec git revert numero_commit:
  - git revert cd17dba55648a08eaf9131cca862646002c0e986³

On peut générer une clé avec une commande git↩︎
conseillé si ajout d’une passphrase lors de la création de la clé↩︎
Lors du commit généré automatiquement, un horrible éditeur de texte va s’ouvrir. Pour en sortir :x↩︎

--- draft: false --- # Résumé de la partie Git **En cours** ## Installation de git * <https://www.git-scm.com/download/win> * Laissez les options telles quelles en passant systématiquement (10 étapes) * Verifier l'installation en allant dans un dossier => faites un clic droit et vérifier que les items **Open Git GUI here** et **Open Git Bash here** sont bien présent. ## Configuration Dans une invite de commande (windows, bash installée avec git...) * Indiquer votre adresse mail ```{.bash} git config --global user.email EMAIL-ADRESSE ``` * Indiquer votre prénom et votre nom ```{.bash} git config --global user.name "PRENOM et/NOM" ``` ## Connection à forge (via RStudio) ### Token * Installation des packages `usethis` et `credentials` Console R: ```{.r} install.packages("usethis") install.packages("gitcreds") ``` ```{.r} library(usethis) library(gitcreds) ``` **GITHUB {{< fa brands github >}}** Console R: * Vous enverra directement sur la page de création des tokens ```{.r} usethis::create_github_token() ``` * Générer le token dans github * Copier le token Attention la durée de vie du token est de 30 jours, vous pouvez l'augmenter jusqu'à un an. * Ajouter le token Par défaut RStudio affectera le token à Github: ```{.r} gitcreds_set() ``` Ou ```{.r} gitcreds_set(url="https://github.com") ``` Coller le token et appuyer sur {{< kbd enter >}} * Test de la connection: dans le terminal exécuter: ```{.bash} git clone gitcreds_set(url="https://github.com") ``` **GITLAB {{< fa brands gitlab >}}** Dans gitlab: * Aller sur son avatar {{< fa solid arrow-right >}} Edit profile {{< fa solid arrow-right >}} Acces token * Add new token: sélectionner **read repository** et **write repository** * Copier le token Attention la durée de vie du token est de 30 jours, vous pouvez l'augmenter jusqu'à un an. * Ajouter le token ```{.r} gitcreds_set(url="https://gitlab.com") ``` Coller le token et appuyer sur {{< kbd enter >}} * Test de la connection: dans le terminal exécuter: ```{.bash} git clone gitcreds_set(url="https://github.com") ``` ### Clé SSH * Création de la clé SSH dans Rstudio^[On peut générer une clé avec une commande git]: * Tools {{< fa solid arrow-right >}} Global Options {{< fa solid arrow-right >}} Git/SVN {{< fa solid arrow-right >}} Create SSH Key * Views ssh key => Copier la clé * Ajouter la clé dans Github: * Aller dans les settings de votre profile {{< fa solid arrow-right >}} SSH & GPH Keys {{< fa solid arrow-right >}} New ssh key {{< fa solid arrow-right >}} coller la clé {{< fa solid arrow-right >}} add ssh key * Création de la clé dans Gitlab: * Edit profile {{< fa solid arrow-right >}} SSH keys {{< fa solid arrow-right >}} add new key {{< fa solid arrow-right >}} coller la clé (vous pouver modifier la date d'expiration) => add key * Facultatif^[conseillé si ajout d'une passphrase lors de la création de la clé] Dans le terminal: ```{.bash} eval $(ssh-agent -s) ``` Puis ```{.bash} ssh-add ~/.ssh/id_ed25519 ``` Si message de ce type: ```{.mf} The authenticity of host 'github.com (140.82.121.4)' can't be established. ED25519 key fingerprint is SHA256:+DiY3wvvXXXXXXX\(*_*)/XXXXXXXXXr4UvCOqU. This key is not known by any other names. ``` Valider avec **yes** * Test de la connection. Dans le terminal exécuter: **Github {{< fa brands github >}}** ```{.bash} git@github.com:mthevenin/test_connection_formation.git ``` **Gitlab {{< fa brands gitlab >}}** ```{.bash} git@gitlab.com:mthevenin/test_connection_formation.git ``` ## Les principales commandes git A utiliser dans un terminal, de préférence le **bash** * En local, démarrer un dépôt git ```{.bash} git init ``` * **Verifier le statut des fichiers** ```{.bash} git status ``` * **Staged**: Ajouter des fichiers ayant fait l'objet d'une modification depuis la version précédente ```{.bash} git add nom_fichier1 nom_fichier2 ``` Tous les fichiers modifiés entre deux versions ```{.bash} git add . ``` * **Commit**: Figer une version des fichiers ayant fait l'objet d'un `git add` ```{.bash} git commit -m "Titre de la version" ``` * **Lister l'historique** ```{.bash filename="Version longue"} git log ``` ```{.bash filename="Version résumée"} git log --oneline ``` * **Contenu d'un commit** ```{.bash} git show numero_commit ``` * **Push**: Transférer les modifications entre deux commits du répertoire local de travail sur le dépôt distant (remote) ```{.bash} git push ``` * **Pull**: Récupération des modifications apportées au dépôt distant vers le répertoire local de travail ```{.bash} git pull ``` * **Créer une branche secondaire** ```{.bash} git branch nom_branche ``` * **Changer de branche** ```{.bash} git checkout nom_branche ``` * **Fusionner des branches** (répertoire local) A partir de la branche principale (main/master) ```{.bash} git merge nom_branche_secondaire ``` ::: callout-caution #### `main` versus `master` Depuis 2021, les plateformes git se sont engagées à adopter le nom **`main`** pour la branche principale. Avec Gitlab cependant, lorsque le dépôt distant est créé avec un template, le nom de la branche principale est resté **`master`**. Le logiciel git a conservé le nom **`master`** lorsqu'on démarre une instance git dans un répertoire local. Il est possible de le changer avec la commande suivante: `git branch -m nouveau_nom` ::: * **pull request** (demande de fusion dans le dépôt distant) A partir d'une branche secondaire: ```{.bash} git push origin nom_branche_secondaire ``` Valider ou non sur gitlab/github la demande de fusion. * **git revert** Par exemple pour un fichier dont la suppression a fait l'objet d'un `commit` explicite ```{.bash} git revert numéro_commit ``` ## Exemple d'opérations de versionnage Pour les animations, on a utilisé l'interface **ungit**. * On se trouve dans le répertoire **demi_git** * On ouvre le terminal bash * On démarre le versionnage: `git init` * On génère le fichier vide **texte.txt**: `touch texte.txt` * On ajoute du texte * On ajoute le nouveau fichier à cette version (stage): `git add texte.txt` * On fige la version avec un commit: `git commit -m "premier commit: add texte.txt"` ::: {.box_img} ![](img2/resume1.gif) ::: * On créé le fichier prog.r et on ajoute quelques ligne de codes: `touch prog.r` * On modifie à nouveau le fichier texte.txt * On versionne ces deux modifications: * `git add .` * `git commit -m "modif texte.txt add prog.r"` ::: {.box_img} ![](img2/resume2.gif) ::: * On supprime le fichier texte.txt: `rm texte.txt` * On versionne cette suppression: * `git add .` * `git commit -m "delete texte.txt"` * On fait des modifications sur le fichier prog.r et on les versionne: * `git add .` * `git commit -m "modif prog.r"` * On veut récupérer le fichier supprimé (texte.txt). * On récupère le numéro du commit liée à la suppression du fichier. * Directement dans un interface graphique. * En affichant l'historique des commit: `git log` {{< fa solid arrow-right >}} `cd17dba55648a08eaf9131cca862646002c0e986` * On va revenir en arrière sur la suppression avec `git revert numero_commit`: * `git revert cd17dba55648a08eaf9131cca862646002c0e986`^[Lors du commit généré automatiquement, un horrible éditeur de texte va s'ouvrir. Pour en sortir {{< kbd :x >}}] ::: {.box_img} ![](img2/resume3.gif) :::