11 Eléments de mise en forme des données

Ce qui suit est un premier jet réalisé en 2023, encore très perfectible, mais j’avais bien conscience depuis très longtemps que l’absence d’une partie dédiée aux manipulations des données biographiques était problématique. Ce qui suit ne peut pas couvrir toutes les problématiques que l’on peut rencontrer lorsqu’on met en forme ce type de données: le format de mise à disposition, l’extraction de l’information pertinente correspondant à la question analysée, voire le logiciel utilisé, rend quasiment impossible la production d’un guide clé en main.

Quelques conseils

Comme l’analyse des durées/survie consiste à extraire une (ou plusieurs) séquence(s) bien identifier les situations types que l’on sera conduit à rencontrer et à traiter. Ici il peut être intéressant, de manière exploratoire, à conduire une analyse de séquences au préalable.
Vérifier à chaque étape de la programmation la validité ou la cohérence des informations contenues dans les variables créées et/ou de la mise en forme.

Le format des données utilisé dans cette section

Il est identique à celui utilisé dans l’enquête MAFE [lien]¹ , donc de type individus-séquences avec un marquage des informations temporelles de type année.
Sur chaque séquence l’année de début et l’année de fin sont indiquée.
Les trajectoires peuvent être continues ou non. Si elle ne sont pas continues, un exemple montre comment récupérer les séquences en “creux”.

Programmation

Cette section n’est pas centrée sur la méthode de programmation, mais plutôt sur les questions que l’on doit se poser et leur résolution.
Comme la formation est appliquée en R, j’ai néanmoins donné les codes que j’ai utilisé.
- Les codes R sont ici largement hérité d’une programmation Stata que je maîtrise encore bien mieux.
- On pourrait aller plus vite, mais j’applique une programmation assumée prudente.
- Le type de programmation applique assez massivement l’utilisation de compteurs ou de double compteurs, et si nécessaire l’utilisation de variables décalée de type lead ou lag.

Le support assistoolsms

Le service SMS de l’Ined a mis en place récemment un support de programmation dédié principalement à R [Lien]. Ce support est construit sur l’idée d’une liste de fiches thématiques qui trouvent leur origine, mais pas que, dans des demandes d’assistances de programmation de la part de chercheur.e.s, (post)doctorant.e.s ou stagiaires. Bien que cela ne soit pas pour tout de suite, il est prévu d’alimenter ce support sur la question des manipulations des données biographiques avec: d’autres exemples, des alternatives aux codes proposés plus loin, ou l’application des exemples traités ici mais avec un format de mise à disposition des données différents.

… Ceci au mieux pour l’été 2024.

Packages utilisés:

Code

library(dplyr)
library(tidyr)
library(knitr)

11.1 Calcul des variables d’analyses

On partira de la base individus-séquences suivante:

Code

df = data.frame(id  =  c(1, 1, 1, 2),
                deb =  c(2020, 2023, 2024, 2022),
                fin =  c(2021, 2024, 2025, NA), 
                  x =  c(1,2,1,2))
kable(df)

id	deb	fin	x
1	2020	2021	1
1	2023	2024	2
1	2024	2025	1
2	2022	NA	2

On supposera que l’année de collecte, pour toutes les observations, est 2025 ².

Si cela n’est pas donné dans le module biographique, il peut être intéressant de construire les numéros de séquences des trajectoires.

Code

df$nseq = 1 
df = df %>% group_by(id) %>% mutate(nseq = cumsum(nseq))  

kable(df)

id	deb	fin	x	nseq
1	2020	2021	1	1
1	2023	2024	2	2
1	2024	2025	1	3
2	2022	NA	2	1

Exemple 1 : durée de séjour de la première séquence observée

Supposons que x traduit un type de relation/union, par exemple x=1 est une relation non cohabitante et x=2 est une relation cohabitante. On s’intéresse à la durée de la première relation, sans distinction entre 1 et 2. Il suffit de séléctionner la première séquence.

Code

df = filter(df, nseq==1)

La variable de fin va permettre de repérer les informations censurées, et de générer la variable d’évènement. A ce niveau il est donc important de ne pas encore remplacer la date de censure par sa valeur.

Si fin est une valeur manquante: observation censurée.
Si fin est une valeur renseignée: occurence de l’évènement.

Code

df$e = ifelse(is.na(df$fin), 0,1)

kable(df)

id	deb	fin	x	nseq	e
1	2020	2021	1	1	1
2	2022	NA	2	1	0

Pour la variable de durée ³, une repéré les observations censurées, elle est calculée directement avec les variables fin et deb.

Code

df$dur = ifelse(df$e==1, df$fin - df$deb + 1, 2025 - df$deb + 1)

kable(df)

id	deb	fin	x	nseq	e	dur
1	2020	2021	1	1	1	2
2	2022	NA	2	1	0	4

Exemple 2 : changement de métrique temporelle

Toujours avec le même exemple, mais en ajoutant une observation, supposons que l’on dispose également de l’information sur les mois. Sur les mois où l’évènement à eu lieu, mais également sur les mois où l’enquête a été réalisée.

Code

df2 = data.frame(id  = c(1, 1, 1, 2,3),
                deb  = c(2020, 2023, 2024, 2022, 2021),
                debm = c(2,5,3,10,9),
                fin  = c(2021, 2024, 2025, NA,2021), 
                finm = c(4,2,12,NA,11), 
                x    = c(1,2,1,2,1),
                enq  = c(2025,2025,2025,2025,2025),
                enqm = c(4,4,4,5,4))

df2$nseq = 1 
df2 = df2 %>% group_by(id) %>% mutate(nseq = cumsum(nseq))  

kable(df2)

id	deb	debm	fin	finm	x	enq	enqm	nseq
1	2020	2	2021	4	1	2025	4	1
1	2023	5	2024	2	2	2025	4	2
1	2024	3	2025	12	1	2025	4	3
2	2022	10	NA	NA	2	2025	5	1
3	2021	9	2021	11	1	2025	4	1

On remarque que la nouvelle observation (id=3) a connu l’évènement, ici la fin de la relation, la même année qu’au début d’exposition (le début de la relation)…. mais au bout de 2,6,11 mois???? Commeon dispose de l’information sur les mois de début et de fin cela peut être intéressant de l’exploite. De la même manière si l’enquête a été réalisée la même année, les entretiens n’ont pas eu lieu le même mois. On aura besoin de cette information pour les observations censurées.

De nouveau on sélectionne la première séquence, et pour la lisibilité de la base on retire les informations qui ne seront pas ou plus exploitées (nseq, x).

Code

df2 = filter(df2,nseq==1)
df2 = select(df2, -c(x,nseq))

kable(df2)

id	deb	debm	fin	finm	enq	enqm
1	2020	2	2021	4	2025	4
2	2022	10	NA	NA	2025	5
3	2021	9	2021	11	2025	4

On génère la variable censure/évènement (toujours à faire avant la variable de durée) de la même manière que pour l’exemple 1.

Code

df2$e = ifelse(is.na(df2$fin), 0, 1)

kable(df2)

id	deb	debm	fin	finm	enq	enqm	e
1	2020	2	2021	4	2025	4	1
2	2022	10	NA	NA	2025	5	0
3	2021	9	2021	11	2025	4	1

Pour la variable de durée, le principe est de multiplié par 12 la différence entre l’année de fin et l’année de début et d’ajouter la différence entre le mois de fin et le mois de début.
Pour les observations censurées, ici l’année de fin est identique mais les mois varient. En terme de programmation, surtout si avec R on utilise ifelse, il est préférable d’y aller doucement en créant une durée pour les observations qui ont connu l’évènement et une durée pour les observations censurées. Puis de regrouper les deux cas. C’est ce qui est fait dans le code qui suit.

Durée selon les valeurs de e:

Code

df2$dur1 = ifelse(df2$e==1, 12*(df2$fin - df2$deb) + (df2$finm - df2$debm),  0) 
df2$dur0 = ifelse(df2$e==0, 12*(2025 - df2$deb)    + (df2$enqm  - df2$debm), 0) 

kable(df2)

id	deb	debm	fin	finm	enq	enqm	e	dur1	dur0
1	2020	2	2021	4	2025	4	1	14	0
2	2022	10	NA	NA	2025	5	0	0	31
3	2021	9	2021	11	2025	4	1	2	0

On regroupe par simple sommation (le else étant 0).

Code

df2$dur  = df2$dur1 + df2$dur0

df2 = select(df2, -c(dur1,dur0))

kable(df2)

id	deb	debm	fin	finm	enq	enqm	e	dur
1	2020	2	2021	4	2025	4	1	14
2	2022	10	NA	NA	2025	5	0	31
3	2021	9	2021	11	2025	4	1	2

On dispose ainsi des éléments nécessaire pour faire une analyse de durée avec une métrique mensuelle ⁴.

Exemple 3 : importation d’un début d’expositon externe

On repart de la première base

id	deb	fin	x	nseq
1	2020	2021	1	1
1	2023	2024	2	2
1	2024	2025	1	3
2	2022	NA	2	1

On suppose maintenant que x traduit des situations sur le marché du travail. Par exemple x=1 est un emploi en CDD et x=2 un emploi en CDI. On s’intéresse à la durée entre la fin des études et le premier emploi, quel que soit sont type.

On ne dispose pas ici de toutes l’information pour calculer la durée, soit la fin des études. Elle peut être donnée dans une base classique regroupant l’ensemble des caractéristiques individuelles de type fixe (année de naissance, sexe…).
Comme on s’intéresse à la durée de recherche du premier emploi, dans le module biographique la date de début va devenir la date de fin.
Pour les observations présente dans la base biographique, il n’y a pas de censure à droite. Mais si on regarde le fichier des caractéristiques générales, fixe:

Code

etude = data.frame(id = c(1,2,3), fin_etude = c(2020,2021,2023))
kable(etude)

id	fin_etude
1	2020
2	2021
3	2023

Une nouvelle observation (id=3) apparaît. Au moment de l’enquête, elle n’a pas (encore) trouvé un emploi depuis la fin de ces études. On a donc une observation qui sera censurée.

Note

Certaines bases biographiques peuvent être structurées avec des trajectoires strictement continue, l’année (l’âge) de fin étant l’année (l’âge) de début de la trajectoire suivante. Dans ce cas, l’information serait immédiatement disponible, avec la présence d’un nombre de séquences plus important dans la base.

On va devoir:

Sélectionner la première sequence d’emploi dans la base df (variable nseq).
La fusionner avec la base étude.

Avant la fusion, on peut conserver seulement les informations nécessaires (id, deb). La variable deb va changer également de statut en devenant l’année de fin de la période de recherche d’emploi.

Code

df = filter(df, nseq==1)
df = select(df, -c(fin,x,nseq))

df = rename(df, fin = deb)
kable(df)

id	fin
1	2020
2	2022

Après la fusion:

Code

df = full_join(etude, df,  by = c('id'))

df = rename(df, deb = fin_etude)

kable(df)

id	deb	fin
1	2020	2020
2	2021	2022
3	2023	NA

On a toutes les informations pour générer la variable censure/évènement et la variable de durée:

Code

df$e = ifelse(is.na(df$fin),0,1)

df$dur = ifelse(df$e, df$fin - df$deb + 1, 2025 - df$deb + 1)
kable(df)

id	deb	fin	e	dur
1	2020	2020	1	1
2	2021	2022	1	2
3	2023	NA	0	3

11.2 Appariement de modules biographiques

On repart de la première base, avec les numéros de séquence.

id	deb	fin	x	nseq
1	2020	2021	1	1
1	2023	2024	2	2
1	2024	2025	1	3
2	2022	NA	2	1

11.2.1 Mise en forme d’une base

Pour apparier des informations de plusieurs modules biographiques, on doit transformer les bases en format individus-séquences en format individus-périodes (ici individus années).

Etape 1: allongement sur chaque séquence après avoir générées leur durée
Etape 2: générer une variable de période (année) sur chaque ligne. Elle servira pour l’appariement.

Pourquoi ne pas utiliser la simple différence entre la fin et le début ?

Durée (fin - début) et allongement de la base:

On ne génère pas des variables d’analyse, on aurait besoin de l’information sur l’année de l’enquête pour les informations censurées.

Code

df$fin[is.na(df$fin)] = 2025

kable(df)

id	deb	fin	x	nseq
1	2020	2021	1	1
1	2023	2024	2	2
1	2024	2025	1	3
2	2022	2025	2	1

Allongement de la base:

Code

df1 = df
df1$dur1 = df1$fin - df1$deb

df1$dur1b = df1$dur1 # uncount supprime la variable d'origine 
df1 = uncount(df1,dur1b)

kable(df1)

id	deb	fin	x	nseq	dur1
1	2020	2021	1	1	1
1	2023	2024	2	2	1
1	2024	2025	1	3	1
2	2022	2025	2	1	3
2	2022	2025	2	1	3
2	2022	2025	2	1	3

Pour générer la variable période (année), on a besoin d’un compteur qui sera associé à la variable deb. On doit bien contrôler l’opération par identifiant et numéro de séquence.

Code

df1$c = 1
df1 = df1 %>% group_by(id,nseq) %>% mutate(year = deb  + cumsum(c)) 

kable(df1)

id	deb	fin	x	nseq	dur1	c	year
1	2020	2021	1	1	1	1	2021
1	2023	2024	2	2	1	1	2024
1	2024	2025	1	3	1	1	2025
2	2022	2025	2	1	3	1	2023
2	2022	2025	2	1	3	1	2024
2	2022	2025	2	1	3	1	2025

Problème: les années de début ne sont pas correncte: 2021 au lieu de 2020 pour la première séquence de id=1 par exemple.

Important

On doit donc impérativement augmenter la différence entre la fin et le début par +1 pour que l’ensemble des périodes (années) soit couvertes.

On reprend donc les opérations précédentes mais avec durée = fin - debut + 1

Allongement de la base avec durée augmentée

Code

df2 = df
df2$dur2 = df2$fin - df2$deb + 1

df2$dur2b = df2$dur2 # uncount supprime la variable d'origine 
df2 = uncount(df2,dur2b)

kable(df2)

id	deb	fin	x	nseq	dur2
1	2020	2021	1	1	2
1	2020	2021	1	1	2
1	2023	2024	2	2	2
1	2023	2024	2	2	2
1	2024	2025	1	3	2
1	2024	2025	1	3	2
2	2022	2025	2	1	4
2	2022	2025	2	1	4
2	2022	2025	2	1	4
2	2022	2025	2	1	4

Création de la variable year: sur chaque individus-séquences, la somme entre le compteur et l’année de début doit être réduite de 11.

Code

df2$c = 1
df2 = df2 %>% group_by(id,nseq) %>% mutate(year = deb  + cumsum(c) - 1)

df2 = select(df2, -c(deb,fin,dur2))


kable(df2)

id	x	nseq	c	year
1	1	1	1	2020
1	1	1	1	2021
1	2	2	1	2023
1	2	2	1	2024
1	1	3	1	2024
1	1	3	1	2025
2	2	1	1	2022
2	2	1	1	2023
2	2	1	1	2024
2	2	1	1	2025

Les années sont toutes couvertes….mais un peu trop. En effet, lorsque les trajectoires sont continues soit lorsque l’année de fin d’une séquence est identique à l’année de début de la suivante, les années vont être doublonnées. On doit dont supprimer ce doublon.

Suppression des doublons des trajectoires continues.

De nouveaux on doit faire un choix, soit on priviligie l’année de fin, soit on privilégie l’année de début. Les applications ont des fonctions qui permettent de supprimer les doublons⁵. On peut le faire manuellement en regardant pour chaque personnes-années le nombre de doublon. Cela se fait facilement à l’aide d’un compteur, ici la variable nyear.

Code

df2 = df2 %>% group_by(id,year) %>% mutate(nyear = cumsum(c))

kable(df2)

id	x	nseq	c	year	nyear
1	1	1	1	2020	1
1	1	1	1	2021	1
1	2	2	1	2023	1
1	2	2	1	2024	1
1	1	3	1	2024	2
1	1	3	1	2025	1
2	2	1	1	2022	1
2	2	1	1	2023	1
2	2	1	1	2024	1
2	2	1	1	2025	1

Si on souhaite garder l’année de fin on filtre les observations en conservant celles dont nyear=1. Si on souhaite privilégier les années de début on foltre les observations en conservant celles dont nyear=2. Si on souhaite conserver les années de fin de séquence:

Code

df2 = filter(df2, nyear==1)

df2 = select(df2, -c(nseq,c,nyear))

kable(df2)

id	x	year
1	1	2020
1	1	2021
1	2	2023
1	2	2024
1	1	2025
2	2	2022
2	2	2023
2	2	2024
2	2	2025

En résumé

A la date (année/âge) de censure remplacer la valeur manquante par sa valeur. Si ultérieurement on a besoin de garder l’information sur la censure - valeur manquante - , on peut générer une variable mirroir de fin.
Sur chaque séquence calculer la durée avec une augmentation de +1.
Créer une variable période (année) sur chaque ligne. Elle servira à définir la clé d’appariement.
Supprimer les doublons sur les transition continue \(fin_t = debut_{t+1}\).

11.2.2 Fusion des informations biographiques

11.2.2.1 Fusion avec l’ensemble des périodes observables

Pour commencer par un exemple plutôt simple, on note que pour id=1 l’année 2022 n’est pas renseignée (trajectoire non continue). Si on reprend un exemple précédent (relations de couple), cette année pourrait être identifiée comme une période sans relation. Une façon simple de boucher ce type “trous”, est d’utiliser les années de naissances des individus, et de créer une base individus-périodes qui couvre toutes les années de vie de l’individu jusqu’à l’enquête. On remontera jusque là, mais on va par exemple considérer que pour id=1 et id=2 ce début de tout est en 2018.

Code

dftout = data.frame(id  =  c(1, 2),
                    t0  =  c(2018, 2018))

kable(dftout)

id	t0
1	2018
2	2018

On ajoute l’information sur l’année de l’enquête (2025).
On génère la durée
On allonge la base
On génère la variable année sur chaque ligne (on contrôle seulement sur id)

Code

dftout$tmax = 2025

dftout$dur  = dftout$tmax - dftout$t0 + 1

dftout = uncount(dftout,dur)


dftout$c = 1
dftout = dftout %>% group_by(id) %>% mutate(year = t0  + cumsum(c) - 1)

dftout = select(dftout, -c(t0,tmax,c))

kable(dftout)

id	year
1	2018
1	2019
1	2020
1	2021
1	2022
1	2023
1	2024
1	2025
2	2018
2	2019
2	2020
2	2021
2	2022
2	2023
2	2024
2	2025

On peut maintenant apparier cette couverture de toutes les années de vie jusqu’à l’enquête à la base biographique:

Code

df2 = full_join(df2, dftout, by = c("id","year"))

df2 = arrange(df2, id, year)
kable(df2)

id	x	year
1	NA	2018
1	NA	2019
1	1	2020
1	1	2021
1	NA	2022
1	2	2023
1	2	2024
1	1	2025
2	NA	2018
2	NA	2019
2	NA	2020
2	NA	2021
2	2	2022
2	2	2023
2	2	2024
2	2	2025

Pour supprimer les informations qui précèdent la première séquence de la biographie, on peut générer un compteur sur la variable x après avoir remplacer ses valeurs manquantes par des 0. On gardera les lignes pour lesquels ce compteur est supérieur à 1.

Code

df2$x[is.na(df2$x)] = 0

df2 = df2 %>% group_by(id) %>% mutate(nx = cumsum(x))

kable(df2)

id	x	year	nx
1	0	2018	0
1	0	2019	0
1	1	2020	1
1	1	2021	2
1	0	2022	2
1	2	2023	4
1	2	2024	6
1	1	2025	7
2	0	2018	0
2	0	2019	0
2	0	2020	0
2	0	2021	0
2	2	2022	2
2	2	2023	4
2	2	2024	6
2	2	2025	8

On supprime les lignes lorsque nx=0.

Code

df2 = filter(df2, nx>0)

df2 = select(df2, -c(nx))

kable(df2)

id	x	year
1	1	2020
1	1	2021
1	0	2022
1	2	2023
1	2	2024
1	1	2025
2	2	2022
2	2	2023
2	2	2024
2	2	2025

11.2.2.2 Fusion avec une autre base biographique

On peut être amené à fusionner plusieurs modules biographique. Jusqu’à présent, une même année, tous les individus ne pouvaient être que dans une situation, par exemple une seul emploi, un seul lieu de résidence etc… Pour certains phénomènes, une même années ou pendant une période plus longue on peut observer simultanément plusieurs états différent, ou plus classiquement observer une somme d’un même état. On parle ici d’overlapping. Ce type de situation est typiquement celle qu’on observe avec le nombre d’enfants.

Supposons que le base ci-dessous traduit la naissance et potentiellement le décès des enfants.

Code

dfy = data.frame(id  =  c(1, 2, 2),
                deb =  c(2022, 2019, 2023),
                fin =  c(NA, 2024,NA), 
                nseq =  c(1,1,2))

kable(dfy)

id	deb	fin	nseq
1	2022	NA	1
2	2019	2024	1
2	2023	NA	2

id=1 a un premier enfant en 2022 qui est toujours en vie au moment de l’enquête (2025)
id=2:
- A un premier enfant en 2019 qui décède en 2024
- A un second enfant en 2023, toujours en vie au moment de l’enquête
- De la naissance du second enfant au décès du premier, on va donc avoir des doublons (overlapping) sur les années

Si on reprend les manipulations précédentes jusqu’à la création de la variable year:

Code

dfy$fin[is.na(dfy$fin)] = 2025
dfy$dur = dfy$fin - dfy$deb + 1

dfy$durb = dfy$dur  # Uncount supprime la variable d'origine 
dfy = uncount(dfy,durb)

dfy$c = 1
dfy = dfy %>% group_by(id,nseq) %>% mutate(year = deb  + cumsum(c) - 1)

La variable year est bien renseignée 2 fois pour les années 2023 et 2024.

On peut s’intéresser au fait d’avoir ou non un enfant, ou de manière plus générale au nombre d’enfant. En créant cette information, on se donne également le moyen de corriger cet overlapping:

On peut de nouveau générer un compteur contrôlé par individu année
En génerant un total de ligne doublonnée, on récupèrera par exemple ici le nombre d’enfant en vie chaque année.
En ne gardant que la ligne ou le compteur est égal à 1, on supprime les doublons tout en gardant l’information sur le nombre d’enfant en vie une année donnée.

Code

dfy = dfy %>% group_by(id,year) %>% mutate(ny = cumsum(c))
dfy = dfy %>% group_by(id,year) %>% mutate(tot_y =  sum(c))

kable(dfy)

id	deb	fin	nseq	dur	c	year	ny	tot_y
1	2022	2025	1	4	1	2022	1	1
1	2022	2025	1	4	1	2023	1	1
1	2022	2025	1	4	1	2024	1	1
1	2022	2025	1	4	1	2025	1	1
2	2019	2024	1	6	1	2019	1	1
2	2019	2024	1	6	1	2020	1	1
2	2019	2024	1	6	1	2021	1	1
2	2019	2024	1	6	1	2022	1	1
2	2019	2024	1	6	1	2023	1	2
2	2019	2024	1	6	1	2024	1	2
2	2023	2025	2	3	1	2023	2	2
2	2023	2025	2	3	1	2024	2	2
2	2023	2025	2	3	1	2025	1	1

Il ne reste plus qu’à supprimer les lignes où ny>1

Code

dfy = filter(dfy, ny==1)
dfy = select(dfy, -c(ny,deb, fin, dur, nseq, c))

kable(dfy)

id	year	tot_y
1	2022	1
1	2023	1
1	2024	1
1	2025	1
2	2019	1
2	2020	1
2	2021	1
2	2022	1
2	2023	2
2	2024	2
2	2025	1

Avec une ligne par année, on peut la fusionner avec une autre base biographique en format individus-années (même principe qu’avec la fusion avec la base sur toutes les années de vie).

Code

df2y = full_join(dfy, df2, by = c("id","year"))

df2y = arrange(df2y, id,year)

df2y = select(df2y, c(id,year,x,tot_y))

df2y$tot_y[is.na(df2y$tot_y)] = 0
df2y$x[is.na(df2y$x)]   = 0

kable(df2y)

id	year	x	tot_y
1	2020	1	0
1	2021	1	0
1	2022	0	1
1	2023	2	1
1	2024	2	1
1	2025	1	1
2	2019	0	1
2	2020	0	1
2	2021	0	1
2	2022	2	1
2	2023	2	2
2	2024	2	2
2	2025	2	1

11.3 Sélection d’un type de séquence et mise en forme pour l’analyse

11.4 Durée jusqu’à la première séquence

Code

df =  data.frame(id  =  c( 1, 1, 1, 2, 3, 3, 4),
                 deb =  c(2018, 2022, 2024, 2019, 2023, 2024, 2023),
                 fin =  c(2021, 2024, 2025, NA, 2024, NA, NA), 
                 y  =   c(1, 2, 1, 2, 3, 2, 1),
                 nseq = c(1, 2, 3, 1, 1, 2, 1)
                 )

kable(df)

id	deb	fin	y	nseq
1	2018	2021	1	1
1	2022	2024	2	2
1	2024	2025	1	3
2	2019	NA	2	1
3	2023	2024	3	1
3	2024	NA	2	2
4	2023	NA	1	1

On va s’intéresser à la durée jusqu’à l’occurence de la séquence de type 2 ou 3 (variable y). On considéra que le début de l’exposition est donné par la variable deb sur la première séquence.

id=1: début de l’exposition/observation en 2018, observe l’évènement en 2022.
id=2: début de l’exposition/observation en 2019, observe l’évènement la même année.
id=3: début de l’exposition/observation en 2019, observe l’évènement la même année.
id=4: début de l’exposition/observation en 2023, n’a pas connu l’évènement au moment de l’enquête.

Recupération de l’année de l’évènement

On peut repérer la présence d’une des deux séquences d’intérêt avec une indicatrice.

Code

df$e = ifelse(df$y==2 | df$y==3,1,0)

kable(df)

id	deb	fin	y	nseq	e
1	2018	2021	1	1	0
1	2022	2024	2	2	1
1	2024	2025	1	3	0
2	2019	NA	2	1	1
3	2023	2024	3	1	1
3	2024	NA	2	2	1
4	2023	NA	1	1	0

De nouveau l’utilisation d’un compteur sur cette variable indicatrice, peut s’avérer utile pour repérer le moment de l’occurence.

Code

df = df %>% group_by(id) %>% mutate(n  = cumsum(e)) 

kable(df)

id	deb	fin	y	nseq	e	n
1	2018	2021	1	1	0	0
1	2022	2024	2	2	1	1
1	2024	2025	1	3	0	1
2	2019	NA	2	1	1	1
3	2023	2024	3	1	1	1
3	2024	NA	2	2	1	2
4	2023	NA	1	1	0	0

Pour id=(2,3,4), ce compteur permet d’obtenir l’information souhaitée, à savoir n=0 en situation d’attente/séjour/survie et n=1 l’année de l’évènement. Pour id=1 cependant, l’alternance en y=1 et y=(2,3) ne permet pas de récupérer l’année d’occurence (première fois en 2 ou 3). Cela peut être fait, en faisant un compteur sur le compteur précédent:

Code

df = df %>% group_by(id) %>% mutate(nn  = cumsum(n)) 

kable(df)

id	deb	fin	y	nseq	e	n	nn
1	2018	2021	1	1	0	0	0
1	2022	2024	2	2	1	1	1
1	2024	2025	1	3	0	1	2
2	2019	NA	2	1	1	1	1
3	2023	2024	3	1	1	1	1
3	2024	NA	2	2	1	2	3
4	2023	NA	1	1	0	0	0

Récupération des information censurée

Pour récupérer l’information sur les observations qui seront censurée, on peut faire un total sur la variable n ou e: si n=0, l’individu n’aura pas connu l’évènement.

Code

df = df %>% group_by(id) %>% mutate(N  = sum(n)) 

kable(df)

id	deb	fin	y	nseq	e	n	nn	N
1	2018	2021	1	1	0	0	0	2
1	2022	2024	2	2	1	1	1	2
1	2024	2025	1	3	0	1	2	2
2	2019	NA	2	1	1	1	1	1
3	2023	2024	3	1	1	1	1	3
3	2024	NA	2	2	1	2	3	3
4	2023	NA	1	1	0	0	0	0

Pour id=4, N est bien égal à 0.

Récupération du début de l’exposition

Le début de l’exposition étant ici l’année de début de la première séquence. On peut facilement récupérer cette sur toute les lignes en la repérant (ici en générant une nouvelle variable avec la fonction ifelse), et en sommant sa valeur sur les autres lignes (=0).

Code

1df$ debexp = ifelse(df$nseq==1, df$deb, 0)
                    
2df = df %>% group_by(id) %>% mutate(debexp  = sum(debexp))

kable(df)

1: La variable debex est égale à deb si nseq=1, 0 sinon.
2: On somme cette valeur sur chaque individu pour l’ajouter aux séquences suivantes.

id	deb	fin	y	nseq	e	n	nn	N	debexp
1	2018	2021	1	1	0	0	0	2	2018
1	2022	2024	2	2	1	1	1	2	2018
1	2024	2025	1	3	0	1	2	2	2018
2	2019	NA	2	1	1	1	1	1	2019
3	2023	2024	3	1	1	1	1	3	2023
3	2024	NA	2	2	1	2	3	3	2023
4	2023	NA	1	1	0	0	0	0	2023

Mise en forme finale de la base

On peut maintenant conserver les lignes qui nous intéresse à savoir celle où nn=1 (évènement) ou N=0 (censure).

Code

df = filter(df, nn==1 | N==0)

kable(df)

id	deb	fin	y	nseq	e	n	nn	N	debexp
1	2022	2024	2	2	1	1	1	2	2018
2	2019	NA	2	1	1	1	1	1	2019
3	2023	2024	3	1	1	1	1	3	2023
4	2023	NA	1	1	0	0	0	0	2023

On dispose déjà de la variable d’évènement/censure (e ou n = (0,1), on finit donc par la variable de durée.

Code

df$fin[is.na(df$fin)] = 2025

df$dur = ifelse(df$e==1, df$deb - df$debexp + 1, df$fin - df$debexp + 1)

df = select(df, c(id,e,dur))

kable(df)

id	e	dur
1	1	5
2	1	1
3	1	1
4	0	3

Ces informations sont suffisantes pour estimer une fonction de séjour et on peut ajouter, si elles ne sont pas présentes, des covariables fixes issues du fichier des caractéristiques générales. Pour l’ajout de covariables dynamiques, leur ajout n’est pas forcément difficile pour une analyse en durée discrète ⁶. Pour les analyses type Cox, selon la nature de la variable dynamique, l’opération (quel que soit le logiciel utilisé) risque d’être plus ou moins compliquée.

11.5 Durée de séjour dans la séquence d’intérêt et variables d’analyse

En première ou deuxième analyse, on peut également voir s’intéresser à la durée de séjour dans l’état précédent. Par exemple, si l’analyse précédent consistait à regarder la durée de séjour dans le premier emploi, on pourrait regarder ensuite la durée jusqu’à sa reprise.

Cela va un peu (voir plus) se compliquer. On va repartir de la base de départ précédente en ajoutant une observation.

Code

df =  data.frame(id  =  c( 1, 1, 1, 2, 3, 3, 4, 5, 5, 5 , 5),
                 deb =  c(2018, 2022, 2024, 2019, 2023, 2024, 2023, 2019, 2021, 2023, 2024),
                 fin =  c(2021, 2024, 2025, NA, 2024, NA, NA, 2021, 2023, 2024, NA), 
                 y  =   c(1, 2, 1, 2, 3, 2, 1, 1, 2, 1,3),
                 nseq = c(1, 2, 3, 1, 1, 2, 1, 1, 2, 3, 4)
)

kable(df)

id	deb	fin	y	nseq
1	2018	2021	1	1
1	2022	2024	2	2
1	2024	2025	1	3
2	2019	NA	2	1
3	2023	2024	3	1
3	2024	NA	2	2
4	2023	NA	1	1
5	2019	2021	1	1
5	2021	2023	2	2
5	2023	2024	1	3
5	2024	NA	3	4

Filtrage des observations hors champs

On peut déjà supprimer les observations hors champs, à savoir ici id=4 qui n’a pas connu l’évènement dont on analyse la durée.

Code

1df$e23 = ifelse(df$y==2 | df$y==3,1,0)

df = df %>%  group_by(id) %>% mutate(n23  = cumsum(e23)) 
2df = filter(df, n23!=0)

kable(df)

1: Nom de la variable e23 pour repérer la présence de l’évènement dont on analyse la durée.
2: Ce compteur est suffisant car l’observation n’a qu’une ligne.

id	deb	fin	y	nseq	e23	n23
1	2022	2024	2	2	1	1
1	2024	2025	1	3	0	1
2	2019	NA	2	1	1	1
3	2023	2024	3	1	1	1
3	2024	NA	2	2	1	2
5	2021	2023	2	2	1	1
5	2023	2024	1	3	0	1
5	2024	NA	3	4	1	2

Récupération de l’évènement analysé

Ici l’évènement sera un retour dans l’état y=1. Il y a de nouveau une possibilité de censure à droite si une observation reste dans l’état 2 ou 3 jusqu’au moment de l’enquête.

Il peut être utile d’utiliser des variables décalées pour repérer les changements d’état d’une séquence à une autre. Ces décalages sont appelées lead ou lag:

lead: \(x_t = x_{t+1}\)
lag: \(x_t = x_{t-1}\)

On va utilise ici des lead et donc pouvoir repérer les changements d’état d’une séquence à une autre. Comme on s’intéresse au retour à l’état 1:

Code

1df$e = ifelse(df$y==1,1,0)

2df = df %>%  group_by(id) %>% mutate(diff_e  = e - lead(e))

kable(df)

1: e est une indicatrice qui repère l’état 1
2: On fait redescendre la valeur de e sur la séquence précédente, et on calcule la difference.

id	deb	fin	y	nseq	e23	n23	e	diff_e
1	2022	2024	2	2	1	1	0	-1
1	2024	2025	1	3	0	1	1	NA
2	2019	NA	2	1	1	1	0	NA
3	2023	2024	3	1	1	1	0	0
3	2024	NA	2	2	1	2	0	NA
5	2021	2023	2	2	1	1	0	-1
5	2023	2024	1	3	0	1	1	1
5	2024	NA	3	4	1	2	0	NA

Pour chaque dernière séquence la valeur du lag est une valeur manquante. On repère l’évènement avec une valeur de -1 (transition de 0 à 1). On ne peut pas encore filtrer les informations car il va falloir récupérer la fin de la séquence, mais on peut déjà construire l’information.

Code

df$e = ifelse(df$diff_e==-1,1,0)
df$e[is.na(df$e)] = 0
df = df %>%  group_by(id) %>% mutate(e  = sum(e)) 

kable(df)

id	deb	fin	y	nseq	e23	n23	e	diff_e
1	2022	2024	2	2	1	1	1	-1
1	2024	2025	1	3	0	1	1	NA
2	2019	NA	2	1	1	1	0	NA
3	2023	2024	3	1	1	1	0	0
3	2024	NA	2	2	1	2	0	NA
5	2021	2023	2	2	1	1	1	-1
5	2023	2024	1	3	0	1	1	1
5	2024	NA	3	4	1	2	1	NA

Récupération de l’année final avec succesion d’états de même type

La difficulté ici est apportée seulement par id=3. Jusqu’à 2025, on a successivement l’état 2 puis 3. Il va donc falloir récupérer cette dernière année de succession de 2 et 3, jusqu’à la censure ou jusqu’à un retour dans l’état 1. S’il n’y avait pas ce genre de situation, l’utilisation de la variable diff_e aurait été suffisante pour récupérer l’année de fin lorsqu’on a plusieurs séquences (situations pour id=1,5).

On va de nouveau utiliser un lead, mais sur la variable e23.

Code

1df = select(df, -c(nseq, diff_e))

2df = df %>%  group_by(id) %>% mutate(lead_e23 = lead(e23, n = 1, default = NA))

3df$idem = ifelse(df$e23 == df$lead_e23, 1, 0)
df$idem[is.na(df$idem)]=0
4df = df %>%  group_by(id) %>% mutate(idem  = sum(idem))


kable(df)

1: On supprime les colonnes non utilisées pour gagner ici de la lisibilité
2: lead sur la variable e23.
3: La variable idem permet de repérer une suite d’état 2 et 3. On ne passe pas ici par une variable de différence (le faire par prudence si on le souhaite).
4: Ici le total est égal à 1. Si on avait eu une séquence supplémentaire de 3, il serait égal à 2. L’important ici est de repérer la situation, soit 0 ou supérieur à 0.

id	deb	fin	y	e23	n23	e	lead_e23	idem
1	2022	2024	2	1	1	1	0	0
1	2024	2025	1	0	1	1	NA	0
2	2019	NA	2	1	1	0	NA	0
3	2023	2024	3	1	1	0	1	1
3	2024	NA	2	1	2	0	NA	1
5	2021	2023	2	1	1	1	0	0
5	2023	2024	1	0	1	1	1	0
5	2024	NA	3	1	2	1	NA	0

On doit maintenant récupérer la dernière année de fin des situations où idem>0, et la placer sur la première.

Code

1df$fin[is.na(df$fin)] = 2025
2df$lead_e23[is.na(df$lead_e23)]   = -10

3df$truefin = ifelse((df$lead_e23 != df$e23) & df$idem>0, df$fin,0)

4df = df %>% group_by(id) %>% mutate(truefin = sum(truefin))
df$fin = ifelse(df$idem>0, df$truefin, df$fin)

df = select(df, -c(y,e23,lead_e23,idem))

kable(df)

1: On remplace l’année de la censure par sa valeur (important pour id=3).
2: Pour régler un problème de gestion des NA avec ifelse. A tester avec if_else ou case_when.
3: On recupère la valeur de l’année de fin lorsqu’il y a une succession d’états de même nature pour l’analyse.
4: on remplace la valeur dans la variable fin en cas de succession seulement.

id	deb	fin	n23	e	truefin
1	2022	2024	1	1	0
1	2024	2025	1	1	0
2	2019	2025	1	0	0
3	2023	2025	1	0	2025
3	2024	2025	2	0	2025
5	2021	2023	1	1	0
5	2023	2024	1	1	0
5	2024	2025	2	1	0

On peut [enfin] sélectionner et conserver une seule ligne par individu et générer la variable de durée

Code

df= select(df,-truefin)

df = df %>%  group_by(id) %>% mutate(nn23     = cumsum(n23)) 
df = filter(df, n23==nn23)

df$dur= df$fin - df$deb + 1 

df = select(df, -c(n23,nn23))

kable(df)

id	deb	fin	e	dur
1	2022	2024	1	3
2	2019	2025	0	7
3	2023	2025	0	3
5	2021	2023	1	3

Des éléments de manipulation/programmation pour un exemple volontairement très compliqué sont donnés dans méthodes => notes méthodologiques. Ayant été fait en 2015, le code pour R est largement out of date↩︎
Ici on a une enquête réalisée une même année pour toute les observations, ce n’est pas toujours le cas. De même au lieu de l’année, si les datations avaient été données par l’âge, au moment de l’enquête l’âge varierait d’une personne à une autre. Ces datations différentes (année ou âge) peuvent être présentes dans chaque module biographique d’une enquête, ou dans le fichier des caractéristiques fixes. Dans ce cas l’information devra être récupérée↩︎
La mesure est ici discrète/groupée, il me semble toujours préférable d’allonger les durées à +1. On démarre donc toujours un premier janvier pour terminer un 31 décembre sur l’information est donnée par des année. Ici t=1 représente la première année après la sortie des études. Une personne qui aura eu un emploi durant cette année, l’aura eu durant cette première année, que ce soit 2 semaines après ou 11 mois après. Si on disposait des mois, cela pourrait être intéressant de modifier cette métrique temporelle. Voir exemple 3↩︎
Contrairement au durée annuelle je n’ai pas ajouté 1 à chaque durée, ce qui est de nouveau envisageable par exemple si on veut explicitement indiquer les évènements qui ont lieu le premier mois. Pour id=3 la relation a t-elle durée du 1er septembre au 30 novembre, ou du 30 septembre au 1er novembre?? On a toujours un problème de précision, mais ici d’une trentaine de jours↩︎
avec R par exemple la fonction unique de dplyr↩︎
En conservant l’information sur les années, on transformera la base en format individu-période et on procédera à une fusion des informations↩︎